與開具紅字增值稅紙質專用發票的流程相比，納稅人開具紅字增值稅電子專用發票時，無需收回藍字增值稅電子專用發票，具有操作簡便的優點。

1、增值稅專用發票作廢最重要的是在開票系統作廢。發票填寫窗口中有發票作廢。需要作廢的發票為深色，然后單擊下面的作廢按鈕。這張發票在稅務系統中作廢了。這真的叫做無效，所以你不用交稅。然后將紙質發票作廢，這是次要的，如果單位做了作廢印章，加蓋了作廢印章看起來是正規的，如果單位沒有做作廢印章，直接在發票上寫明(發票自帶副本，每張都作廢)，然后保管好作廢的三聯發票(非常重要，千萬不要遺失)，留單位備查。

2、作廢發票必須是當月發票，如果是跨月發票，不可能作廢(金稅系統不認可)，只能采取紅字方式沖發票。

要使憑證無效，請執行以下操作：

(1)先查詢要作廢的憑證。

(2)在“填制憑證”窗口中，執行“制單”"作廢/恢復”命令。

(3)憑證左上角出現無效字樣，表示憑證已作廢。

如何使電子發票作廢

電子發票只能加蓋紅章，不能作廢。電子發票變紅的步驟如下：

一、選擇軟件左上角的“發票管理”。

二、選擇軟件中間的“發票填寫”。

三、在彈出的發票類型中選擇“普通發票”或“電子普通發票”。

法律依據：關于開具紅字增值稅發票有關問題的公告

增值稅一般納稅人開具增值稅專用發票(以下簡稱專用發票)后，對銷售退回、開票有誤、應稅服務暫停但不符合發票作廢條件的，或者因部分銷售退回、銷售折扣，需要開具紅字專用發票的，采取以下處理方式：

(一)購買方取得已用于申報抵扣的專用發票的，可在新增值稅發票管理系統(以下簡稱《新系統》)中填寫并上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》(以下簡稱《信息表》)，填寫《信息表》時不填寫相應的藍字專用發票信息，按照信息表中列出的增值稅從當期進項稅額中臨時調出與信息表一起作為會計憑證使用。

如果購買方取得的專用發票未用于申報抵扣，但發票或抵扣對聯無法退回的，購買方在填寫信息表時應填寫相應的藍字專用發票信息。

如果銷售方開具的專用發票未送達購買方，且購買方申報抵扣并退回發票抵扣的，銷售方可在新系統中填寫并上傳信息表。銷售方在填寫信息表時，應填寫相應的藍色字專用發票信息。

(二)主管稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息表，系統自動核驗后，生成帶有《紅字發票信息表號》的信息表，并將信息同步發送至納稅人端系統。

(三)銷售方憑稅務機關系統核驗的信息表開具紅字專用發票，新系統銷售項目開具負數。紅字專用發票要與信息表一一對應。

(四)納稅人也可以利用信息表的電子信息或紙質材料向稅務機關系統核實信息表的內容。