在軟件產業中，軟件著作權的轉讓是一項重要的法律行為，涉及軟件知識產權的財產性權利的轉移。為了確保轉讓的合法性和有效性，以及保護交易雙方的權益，轉讓軟件著作權后需要進行登記。

一、申請軟件著作權登記的部門

轉讓軟件著作權后，應向國家版權局或其指定的地方版權局申請登記。國家版權局是國務院著作權行政管理部門，負責全國的著作權管理工作，包括軟件著作權的登記、轉讓、質押等。為了方便申請人，國家版權局在中國版權保護中心設立了軟件登記辦事機構，負責具體辦理軟件著作權的登記事務。此外，國家版權局在一些地方設立了軟件登記辦事機構，以便申請人就近辦理登記手續。

二、軟件著作權登記的具體流程

1.準備申請材料：申請人需要準備轉讓合同、雙方身份證明（如企業營業執照、個人身份證等）、原軟件著作權登記證書等相關材料。這些材料是申請登記的基礎，必須真實、完整、準確。

2.填寫申請表：申請人需要在中國版權保護中心網站上下載并填寫軟件著作權轉讓登記申請表。申請表應包含轉讓雙方的基本信息、轉讓的軟件著作權信息、轉讓的權利范圍等內容。

3.提交申請材料：申請人將準備好的申請材料和填寫好的申請表提交到中國版權保護中心或其指定的地方版權局。提交方式可以是現場提交，也可以通過掛號信函或特快專遞郵寄。

4.初步審查：中國版權保護中心或地方版權局對提交的申請材料進行初步審查。如果材料齊全、符合要求，將受理申請并發出受理通知書。

5.實質審查：在初步審查通過后，中國版權保護中心或地方版權局將對申請進行實質審查。主要審查轉讓合同是否真實有效、轉讓的權利范圍是否明確等。

6.登記公告與頒證：審查通過后，中國版權保護中心將在軟件著作權登記公告上發布轉讓信息，并頒發新的軟件著作權登記證書。新證書上將注明轉讓后的權利人和權利范圍。

三、軟件著作權登記的注意事項

1.確保申請材料的真實性、完整性和準確性。

2.嚴格按照規定的格式和要求填寫申請表。

3.遵守相關法律法規和規章制度，確保轉讓行為的合法性和有效性。

4.如有需要，可以咨詢專業律師或版權代理機構，以獲取更準確的法律意見和幫助。