專利許可合同，作為連接創新者與使用者的法律紐帶，其重要性不言而喻。在實際操作中，一些企業或個人往往忽視了合同備案這一關鍵步驟，從而引發一系列法律與權益保障上的問題。

1.從法律效力的角度來看，專利許可合同未備案會導致合同在法律上不具備應有的效力。根據相關法律法規，雖然專利許可合同的備案并非其生效的必要條件，但備案作為政府進行行政監管的一種手段，對于確認合同的真實性和合法性具有重要意義。未備案的合同，在出現糾紛時，難以作為充分的法律依據，從而影響當事人的維權效果。這意味著，一旦合同雙方因許可事宜產生爭議，未備案的合同無法為當事人提供強有力的法律保護，增加了法律風險和不確定性。

2.專利許可合同未備案會引發行政監管問題。政府專利行政部門通過備案制度，對專利許可行為進行監管，以確保市場的公平競爭和專利技術的合法使用。未備案的專利許可合同，面臨相關行政主管部門的查處，進而受到包括罰款、責令改正等在內的行政處罰。這不僅增加了企業的運營成本，還對企業的聲譽和長期發展造成負面影響。

3.從權益保障的角度來看，專利許可合同未備案會導致雙方權益保障不足。備案作為一種公開、透明的方式，有助于保障合同雙方的合法權益。未備案的合同，在權益保障方面存在不足，例如難以證明許可關系的存在、難以追究侵權責任等。這會導致合同雙方在發生糾紛時，難以有效維護自身權益，增加了法律糾紛的復雜性和解決難度。

4.專利許可合同未備案會影響專利技術的推廣和應用。備案制度有助于增加專利技術的公信力和可信度，吸引更多的潛在被許可方。未備案的合同，會降低公眾對專利技術的信任度，從而影響其推廣和應用效果。