在軟件著作權（簡稱“軟著”）申請過程中，保護商業秘密是至關重要的一環。商業秘密作為企業的核心競爭力之一，其泄露會導致企業遭受重大損失。因此，在軟著申請時，采取有效措施保護商業秘密顯得尤為重要。

1.明確商業秘密范圍。

這通常包括未公開的技術信息、經營信息以及客戶資料等。在軟著申請前，企業應對軟件作品進行全面審查，識別并標記出其中的商業秘密部分，以便在申請過程中采取針對性保護措施。

2.限制接觸范圍。

軟著申請涉及多個環節，包括材料準備、提交、審查等。在這些環節中，應嚴格控制接觸商業秘密的人員范圍。僅允許必要的、經過培訓并簽署保密協議的人員接觸商業秘密。此外，對于接觸商業秘密的每一環節，都應建立嚴格的審批和記錄制度，確保商業秘密不被泄露。

3.加強內部管理。

企業應建立完善的商業秘密保護制度，明確保密責任、保密措施和保密紀律等。通過定期培訓、保密檢查等方式，提高員工的保密意識和保密能力。此外，企業還應設立專門的保密機構或指定專人負責商業秘密的保護工作，確保各項保密措施得到有效執行。

4.審慎選擇受托人。

如果企業選擇將軟著申請工作委托給第三方機構或個人辦理，那么在選擇受托人時應格外謹慎。企業應選擇具有良好信譽、專業能力和保密意識的受托人，并與其簽訂嚴格的保密協議。在委托過程中，企業應明確告知受托人商業秘密的范圍和保密要求，并監督其執行情況。

5.采用技術手段保護。

企業可以采用加密、訪問控制、數據隔離等技術手段對商業秘密進行保護。例如，在軟著申請材料中涉及商業秘密的部分，可以使用加密軟件進行加密處理；在存儲和傳輸商業秘密時，可以采用安全可靠的通信協議和加密技術；在共享商業秘密時，可以設置嚴格的訪問控制權限等。

6.及時維權。

一旦發現商業秘密被泄露或遭受侵犯，企業應立即采取措施維護自身權益。這包括收集證據、評估損失、與侵權方協商解決或向有關部門報案等。此外，企業還應加強與法律機構的合作，借助法律手段打擊侵犯商業秘密的行為。