增值稅扣稅憑證會因不可抗力因素、憑證被盜、郵寄丟失、納稅人未能正常履行申報義務、稅務機關的系統未能及時處理網上數據、買賣雙方未交付增值稅抵扣憑證、變更納稅地點、注銷舊賬、重新登記稅款的時間過長、辦稅人員傷亡、辦稅人員突發疾病或者擅自離職等客觀原因造成逾期的，應根據《逾期未出具增值稅預扣稅證明管理辦法》的規定申請逾期未出具增值稅預扣稅證明。

一、增值稅扣稅憑證逾期的客觀原因

1.因自然環境災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期。 

2.增值稅抵扣憑證被盜、被搶，或因郵寄丟失、郵寄錯誤而逾期的。 

3.有關的司法或行政部門在處理業務或進行巡查時，扣繳增值稅預扣單、納稅人未能正常履行申報義務，或稅務機關的資訊系統及網絡未能及時處理納稅人的網上認證數據，導致增值稅扣除單逾期。 

4.因經濟糾紛，買賣雙方未及時交付增值稅抵扣憑證，或納稅人變更納稅地點，注銷舊賬、重新登記稅款的時間過長，導致增值稅抵扣憑證逾期。 

5.由于企業辦稅人員傷亡、突發疾病或者擅自離職，未能及時辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期。 

二、處理增值稅扣稅憑證逾期的辦法

因客觀原因逾期未出具增值稅預扣稅證明的，一般納稅人可以根據《逾期未出具增值稅預扣稅證明管理辦法》的規定申請逾期未出具增值稅預扣稅證明。