基于商標授權確認案件法律事實認定的復雜性，顯然有必要按照綜合審查的原則對絕對原因和相對原因進行審查，同時也增強了結論的說服力和可靠性。

絕對理由涉及違反商標法的重要性、非功能性和公共利益，而不考慮對具體權利人的影響，這是絕對的。包括：《商標法》 第四條規定的不以使用為目的的惡意商標注冊申請、第十條規定的不得作為商標使用的標志、第十一條規定的缺乏顯著特征不得作為商標注冊的標志、第十二條規定的具有功能性不得注冊的三維標志、第十九條第四款規定的商標代理機構不得申請注冊其代理服務以外的商標、第四十四條規定的以欺騙手段或者其他不正當手段取得注冊的商標情形。

相對理由涉及損害他人在先商標權和他人其他已有在先權利，損害特定主體的合法權益，具有相對性。包括：《商標法》第十五條規定的被代理人和被代表人商標或其他特定關系人的商標、第三十條規定的他人已經注冊的或者初步審定的商標、第三十一條規定的他人注冊申請在先的商標、第三十二條規定的他人現有的在先權利和已經使用并有一定影響的商標。

商標法的絕對理由和相對理由都是拒絕注冊商標的相關規定，絕對理由是規定了相關商標不得作為商標使用和注冊，這是商標實質審查要優先解決的問題。其次，商標法第三十條的近似審查判斷問題，在認定時看似有一定的層次性，但兩者的法律效力是一樣的。